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안녕하십니까?
대학 산학협력단이 위탁연구기관인 경우, 종래에는 위탁연구기관이 주관기관 앞으로 전체 위탁연구개발비에 대하여 매출세금계산서를 발행하고 주관기관에서 부가가치세를 자체 비용으로 부담하여 지급하는 것으로 처리했었는데(관리지침 및 위탁연구계약서 표준서식에도 제2조 부분에 이 사실을 명기되어 있음), 새롭게 도입된 RCMS 이용시에는 부가가치세를 어떻게 처리해야되는지 문의드립니다. 살펴보니 새롭게 변경된 표준계약서에서는 주관기관이 자체비용으로 부가가치세를 부담한다는 부분이 삭제되어 있는 것 같습니다.
이전 방식대로 세금계산서를 주관기관에 발행해야한다면 전체 위탁연구비에 대하여 발행을 해야되는지, 아니면 이체하는 건별로 일일이 발행을 해야되는지 궁금합니다.
또한 주관기관에서 부가가치세만 부담하여 지급하는 것에 대하여 납득될 수 있는지도 따져봐야할 것 같습니다. 왜냐하면 정부출연금은 주관기관을 경유하지 않고 RCMS에서 직접 이체받기 때문에 회계적으로 주관/위탁연구기관 간의 연계성이 없어 보이기 때문입니다.
저희 기관뿐만 아니라 다른 대학 산학협력단에도 공히 적용되는 사안인 것 같은데, 확인하시고 안내부탁드리겠습니다. 감사합니다.
조준호 드림
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